L'histoire met en scène les douze Chevaliers d'Or et principalement Aiolia (Chevalier d'Or du Lion), après leur supposée mort au Mur des Lamentations. Les douze guerriers auraient survécu à l'explosion et leurs armures ont évolué en God Gold Cloth grâce au sang de la déesse Athéna.

Quelque part dans l'univers, il existe un endroit appelé Märchenland, où les personnages de contes de fées vivent. Près de l'angle de la Märchenland existe un monde appelé Royaume Fin Bad, où les antagonistes de tous les contes de fées se réunis. Afin de montrer à tous la "Fin" du pire, les gens du Royaume de Fin Bad se rendent à la planète Terre pour recueillir l'énergie Bad. Afin d'éviter que cela se produise, les 5 guerriers légendaires, Pretty Cure, ont besoins de collecter Cure Décor qui est la puissance du bonheur de la reine de Märchenland. Le Cure Décor a été volé puis caché. Ayant pour mission de trouver des Pretty Cure, Candy (la fée) suit les 5 rayons de lumières de la Terre, où elle rencontre Miyuki, une étudiante qui a été transféré dans une autre école et qui est en retard dès son premier jours...

Dans son nouveau lycée, Alice a surpris une drôle de conversation entre deux étudiants. En effet, ces derniers font, depuis quelque temps, le même rêve d'une vite apparemment antérieure et commune sur la lune. Mais Rin, le turbulent petit voisin dont Alice a parfois la garde, lui donne bien d'autres soucis. Jusqu'au jour où elle fait, à son tour, ce même rêve où elle se voit, habitant dans une base sur la lune. Etrange coïncidence...

Momotaros y compañía se encuentran rastreando a un misterioso Imagin cuando se dan cuenta que todo fue un plan para llegar a Ryoutarou y robar el Den Liner. El ladró resulta ser Kaitou Daiki, el rider ladrón mejor conocido como Kamen Rider Diend. Su plan es viajar al pasado para ir a un viejo asalto de su época más joven. Este viaje nos llevará a un niño que no conoció a su madre guardando un gran rencor, el valor de los tesoros y un final con muchas lágrimas cerrando un ciclo.

"D" ha sido contratado para localizar a Meier Link, un poderoso vampiro que ha secuestrado a una chica humana, Charlotte Elbourne. Las órdenes de "D" son claras, encontrar a Charlotte a cualquier precio y traerla de vuelta. Por primera vez "D" se enfrenta a serios competidores, los Hermanos Markus, también contratados con el mismo fin. "D" deberá interceptar a Meier y superar a poderosos adversarios en una carrera mortal a contratiempo.

Tsunami es un antiguo guardián de la Tierra, desde que la "Madre Espíritu" creó a los demonios, y a los guardianes para ayudar a la raza humana. Cuando una mujer pierde parte de su cuerpo, Tsunami intentará ayudarla, involucrándose en una trama en la que el líder de los demonios está intentando trazar un plan para esclavizar a toda la humanidad...

En un mundo donde la magia lo es todo, Asta, un niño que nació sin magia, aspira a convertirse en el "Rey Mago", para superar la adversidad, demostrar su poder y mantener el juramento con sus amigos.

El DenLiner ha sido robado por unos imagins y su líder, Gaou, quien pretende encontrar la Linea de Dios para poder controlar el tiempo y para ello necesitará del Tren de Dios. Ryoutarou y Hana no llegan a abordar el DenLiner, y luego en la tienda de Airi se encuentran con un joven Roytarou. Cuando Momotaros escapa del tren secuestrado intenta poseer al Ryoutarou grande, pero termina poseyendo al pequeño. En ese momento Yuto aparece y les dice que es debido a que el joven ha perdido la memoria con respecto a Momotaros y compañía. Ahora todos deberán perseguir a Gaou para quitarle el DenLiner y derrotarlo antes de que cumpla con su malévolo plan. *Ubicada entre los episodios 27 y 28

Avergonzado de ser el único miembro de la Electric Brain Study Society que no posee una computadora, Akira Takaoka está encantado cuando una tienda de electrónica anuncia un PC9821 por sólo noventa y ocho mil yenes. El acuerdo se limita a los primeros cinco clientes; por desgracia, para cuando Akira llega allí, los PC están agotados. Sin embargo, un hombre misterioso en el callejón trasero le ofrece exactamente el mismo trato. Akira toma el trato, sólo para darse cuenta de que este PC no es una versión 9821, pero una versión 2198 en su lugar. Resulta que el PC2198 es un ordenador de tipo biológico avanzado que necesita una entrada casi constante de espermatozoides para funcionar! El PC2198, llamado Mimi, ahora tiene que defender a Akira de las malvadas hermanas Apple Nacintosh que quieren hacerse cargo de todo el mercado japonés de PC. ¿Podrá el avergonzado Akira suministrar a Mimi lo que necesita para ganar?

A las puertas del siglo XXI, la batalla por el futuro de la humanidad ha comenzado. Los Dragones del Cielo, defensores del orden, llevan luchando desde hace años contra los Dragones de la Tierra, quienes pretenden destruir el planeta a la espera de su posterior purificación. Sin embargo, la encarnizada lucha de los dos bandos y el destino de la Tierra tienen su clave en Kamui Shirou, un joven con un extraordinario poder. Kamui deberá elegir a qué clan seguir. Sin embargo, lo que nuestro protagonista no sabe es que los Dragones de la Tierra han urdido un maléfico plan para inclinar la balanza a su favor...

Tres aventureros, un guerrero, un sacerdote y una chica joven, atraviesan una tierra devastada por siglos de desastres ambientales buscando una forma de sobrevivir. En su viaje encuentran los restos de una expedición de cazadores de tesoros, y el tesoro que buscan, Azec Sistra, la legendaria Ciudad de la Muerte. Desafortunadamente, los bandidos que acabaron con los cazatesoros también han encontrado la ciudad, pero los espíritus de los guardianes de la ciudad siguen allí vigilando.

Sakurai-san ha elegido sacrificar su vida para que Airi pudiera tener un futuro. Mientras tanto Yuuto, quien debería ser ese hombre del cual se enamorase la hermana de Ryoutarou no parece ser la persona ideal ya que no hay amor entre ellos. Ésto es algo que le preocupa a Deneb por lo que intentará un par de planes nada convencionales. En el medio el Den-Liner será un tren sin rumbo alguno por la aparición de un Imagin misterioso.

La historia tiene lugar después de los acontecimientos de la serie,Momotaros y Kohana salen de la DenLiner por un día a visitar a Ryotaro y Airi después de su despedida como consecuencia de su batalla con Kai. Sin embargo, ven un tren fantasma misterioso.